ในปี พ.ศ. 2312 เมื่อครั้งเจ้าพระวออพยพไพร่พลจากนครเขื่อนขันธ์กาบแก้วบัวบานมาตั้งถิ่นฐานที่บ้านดอนมดแดง (พื้นที่บ้านแคน ตำบลดอนมดแดง อำเภอดอนมดแดง ในปัจจุบัน) นายนาคถือเป็นหนึ่งในไพร่พลที่อพยพมาด้วยในครั้งนั้น ต่อมาราวๆ ปี พ.ศ. 2322 มานายนาคได้พาครอบครัวออกมาจากเมืองอุบลเพื่อหาทำลที่เหมาะสมสำหรับการประกอบอาชีพ จึงได้มาตั้งหมู่บ้านใหม่บริเวณ ทุ่งหนองโน ซึ่งเป็นทุ่งกว้างขนาดใหญ่ และเรียกชื่อหมู่บ้านที่ตั้งใหม่นี้ว่า บ้านตองหมอน โดยในบริเวณใกล้เคียงนั้นมีวัดตั้งอยู่แต่เดิมชื่อว่า วัดอุงมุง ด้วยเหตุที่บริเวณที่เป็นที่ตั้งของบ้านตองหมอนนั้นเป็นจุดรับน้ำของร่องน้ำหลายสาย ทำให้เกิดน้ำท่วมขังในหน้าฝน การเดินทางเป็นไปได้ด้วยความลำบาก ปี พ.ศ. 2330 นายนาคจึงย้ายบ้านมาตั้งหมู่บ้านใหม่ห่างจากหมู่บ้านเดิมมาทางทิศเหนือประมาณ 800 เมตร และตั้งชื่อหมู่บ้านแห่งใหม่นี้ว่า บ้านหัวเรือ[1]

บ้านหัวเรือได้รับการจัดตั้งเป็นตำบลเมื่อ พ.ศ. 2475 ในขณะนั้นมีชุมชนภายในเขตปกครองทั้งสิ้น 16 ชุมชน จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2536 ได้มีแยกพื้นที่บางส่วนจำนวน 8 ชุมชน เพื่อจัดตั้งตำบลขี้เหล็ก จึงเหลือเพียงแค่ 8 ชุมชนในเขตปกครองขณะนั้น อย่างไรก็ดี จากการที่มีประชาชนเข้ามาตั้งถิ่นฐานเพิ่มขึ้น จึงได้มีการตั้งชุมชนใหม่ขึ้นในภายหลัง ทำให้ในปัจจุบันมีชุมชนภายในเขตของตำบลหัวเรือ 16 ชุมชนเช่นเดิม[1]